הוקינג נפטר בביתו בקיימברידג' כשהוא מוקף בבני משפחתו. בשנת 1963, כשהיה בן 21 ואובחן כחולה במחלת לו גריג, נבאו הרופאים, כי הוא אינו צפוי לחיות יותר משנתיים. הוקינג הצליח להאריך ימים ונפטר השבוע, בגיל 76.
הוקינג התפרסם בעיקר בזכות ספרו רב המכר, קיצור תולדות הזמן, המתאר את התפתחות היקום למן המפץ הגדול. דובר המשפחה מסר, כי "המשפחה מבקשת להניח לה להתאבל בפרטיות, אך מבקשת להודות לכל מי שעמד לצדו של הפרופסור ותמך בו לאורך חייו".