המחבלים נכנסו לתוך מסעדה הומת אדם והחלו לטבוח ביהודים.

בסמוך לשעה ארבע אחר הצהריים חולייה של שלושה מחבלים הגיעה למסעדת חומוס אליהו הממוקמת בתחנת הדלק שבכניסה ליישוב עלי שבבנימין.
המחבלים חדרו לתוך המסעדה ורצחו כארבעה סועדים, תוך שהם פוצעים ארבעה אחרים - אחד במצב קשה מאוד.
החולייה פתחה באש, תוך שימוש ברובה צה"לי מסוג M16.
לאחר שאחד מהם חוסל, שני המחבלים הנוספים נמלטו בריצה אל הכביש הראשי תוך שהם מותירים את רכבם מונע בתחנת הדלק, בשלב זה לפי עדויות השתלטו על רכב אזרחי מסוג טויוטה תוך איום על הנהג, ונמלטו מהמקום.
מרדף מתבצע באזור, ומסוק חיל האוויר הועלה במטרה לאתר את הרכב.
כרגיל האויב ממהר להגיב, בעוד ראשי המדינה שלנו מחרישים. מחמאס נטען כי הרצח מהווה תגובה לפשיטה אמש בג'נין. "התגובה לפשעי הכיבוש במחנה ג'נין לא איחרה להגיע והמהפכנים בגדה מכים בכל מקום". בג'יהאד האסלאמי נאמר - "תגובה טבעית להסלמה בפשעי הכיבוש נגד העם הפלסטיני", מסרו.
כהרגלו ראש הממשלה בנימין נתניהו הודיע על כינוס הערכת מצב ביטחונית.