
הוקינג, אסטרופיזיקאי ותאורטיקן מאוניברסיטת קיימברידג', היה אחד מ-21 מדענים בעלי שם עולמי שהשתתפו בכנס שערך אפשטיין בשנת 2006 באי ובאי הסמוך סנט תומאס. הכנס התקיים במלון ריץ-קרלטון, שמחיר לילה בו עמד על כ-1,600 דולר, ונשא את השם "האנרגיה של החלל הריק שאינה אפס". לפי פרסום בבלוג של קרן ג'פרי אפשטיין VI, האורחים הוזמנו להיפגש, לדון בנושאים מדעיים, לנוח בחוף הים ואף לבקר באי הפרטי של אפשטיין, שמימן את האירוע.

מסמכי אפשטיין חושפים תמונה של המדען סטיבן הוקינג באי הפרטי של ג'פרי אפשטיין
מסמכים שפורסמו בעבר העלו כי וירג'יניה ג'יופר, אחת מנפגעותיו של אפשטיין, האשימה את הוקינג כי "השתתף באורגיה עם קטינות" באי. לפי הודעות דוא"ל שנשלחו על ידי אפשטיין ונחשפו בבית המשפט, הוא הכחיש את הטענה והנחה את שותפתו ג'יסליין מקסוול להציע כסף לחבריה של ג'יופר אם יסייעו להפריך את ההאשמות נגד הוקינג. במסמכים שפורסמו מצוין כי אין כל אינדיקציה לכך שהופעת שמו של הוקינג במסמכים מעידה על עבירה כלשהי מצדו.
הוקינג, שהלך לעולמו במרץ 2018 בגיל 76 לאחר יותר מ-50 שנה שבהן חי עם מחלת ניוון שרירים מסוג ALS, התארח אצל אפשטיין במרץ 2006 - כחמישה חודשים לפני שאפשטיין הואשם לראשונה בשידול לזנות. חיפוש במסמכים שפורסמו על ידי משרד המשפטים האמריקאי העלה כי שמו של הוקינג מוזכר בהם לפחות 250 פעמים. עוד קודם לכן, בשנת 2015, פורסמו תמונות שבהן נראה המדען בכיסא הגלגלים שלו במהלך ברביקיו באי.
לפי הדיווחים, אפשטיין אף דאג לסיור תת-ימי מיוחד עבור הוקינג סביב האי, לאחר שהתאים עבורו כלי שיט ייעודי - שכן הוקינג מעולם לא היה מתחת למים. אפשטיין נהג להציג את עצמו כפילנתרופ בתחום המדע, והקיף את עצמו במדענים בכירים. לפי פרסומים, הוא תרם סכומים משמעותיים למחקרים מדעיים, ובשלב מסוים נטען כי העניק עד 20 מיליון דולר בשנה למימון חוקרים. רבים מאותם מדענים התרחקו ממנו לאחר מעצרו.
ה'ניו יורק טיימס' דיווח בעבר כי אפשטיין גילה עניין מיוחד ברעיון ה"טרנסהומניזם" - תפיסה שלפיה ניתן לקדם את האנושות באמצעות פריצות דרך טכנולוגיות כמו הנדסה גנטית ובינה מלאכותית. לפי הדיווח, הוא נהג להסיט שיחות לנושאים של שיפור גנטי של המין האנושי ואף אמר לאנשים סביבו כי ברצונו להוליד ילדים רבים ככל האפשר כדי להפיץ את הגנים שלו.
בנוסף, במסמכים שפרסם משרד המשפטים נכללה פנייה לא מבוססת ל-FBI, שלפיה אפשטיין ביקר בשנת 2011 במועדון הומואים לגברים בלבד יחד עם הוקינג. המודיע האלמוני סיפר כי זיהה אותם בדיעבד מהחדשות, והדוח ציין כי הוא היה "על סף דמעות" כאשר אמר כי "לא רק בנות נפגעו מאפשטיין". חשוב לציין כי לא הוצגו ראיות המאשרות את הטענה.
משרד המשפטים האמריקאי פרסם עד כה יותר מ-3.5 מיליון מסמכים במסגרת חוק שקיפות מסמכי אפשטיין, והודיע כי זוהו למעלה מ-6 מיליון מסמכים הקשורים לפרשה - אך לא כולם יפורסמו.